Pada
tanggal 23 September 2014 berdasarkan Keputusan Yayasan Arastamar Papua (YARPA)
Nomor: 008/KEP-YARPA/IX/2014, Tim Arastamar Papua bersama Pemerintah Kabupaten
Jayapura meresmikan pembukaan Sekolah Tinggi Agama Kristen Arastamar Grimenawa
Jayapura (STAK AGJ) dengan dua Program Studi yaitu Program Studi Sarjana
Teologi dan Program Studi Sarjana Pendidikan Agama Kristen. Pada
waktu pembukaan dilakukan kuliah perdana oleh Ketua STAK AGJ kepada 98 orang
calon mahasiswa baru. Setelah itu STAK AGJ berproses surat permohonan kepada
Dirjen Bimas Kristen Kementerian Agama RI untuk mendapatkan legalitas Surat
Keputusan Persetujuan Pendirian Sekolah Tinggi Agama Kristen Arastamar
Grimenawa Jayapura dan Surat Keputusan Ijin Penyelenggaraan Program Studi
Sarjana Teologi dan Program Studi Sarjana Pendidikan Agama Kristen.
Pada tanggal 31 Desember 2014 STAK AGJ dan Prodi Sarjana Teologi dan Prodi Sarjana PAK mendapatkan SK Pendirian dan SK Penyelenggaraan dari Dirjen Bimas Kristen Kementerian Agama Republik Indonesia. Selanjutnya SK Perpanjangan Ijin Prodi Teologi didapatkan pada tahun 2016 untuk keperluan penganjuan Akreditasi ke BAN-PT. Selanjutnya Pada tahun 2017 STAK AGJ diakreditasi Institusinya oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dan Pada Tahun 2018 Program Studi S1 Teologi dan S1 Pendidikan Agama Kristen mendapat Surat Keterangan Terakreditasi dari BAN-PT. Lalu Pada Tahun 2020 Prodi S1 Pendidikan Agama Kristen di Reakreditasi secara Daring Oleh BAN-PT. Kemudian tahun 2021 Prodi S1 Teologi juga di Reakreditasi secara daring oleh BAN-PT dengan Peringkat “BAIK”.